对于一个PCR仪反应，虽然有各种各样的PCR仪引物设计软件或者经验公式计算*适的退火温度，可是由于模版中碱基的组合千变万化，对于特殊片断，经验公式得到的数据不一定能"P"出来结果，细微的变化对结果都可能产生决定性的影响，因而“摸条件”一度是让人很头疼的问题。梯度PCR的出现部分解决了一些问题——在反应过程中每个孔的温度操控条件可在指定范围内按照梯度变化，根据结果，一步就可摸索出*适合的反应条件。不单退火温度，连变性温度和延伸温度都可优化——对于多种聚合酶混合酶扩增如Invitrogen、Clontech、Promega的多数高保真Taq酶来说这个非常重要，因为Taq和校正酶的*佳反应温度可能有显著差异，优化延伸温度就显得很重要。多次实验可在一台仪器上完成，既节省实验时间提高效率，又节省实验成本。
对于带梯度功能的PCR仪，需要考虑梯度模式下区别梯度管排间的温度均匀性和准确性，还必须考虑仪器在梯度模式和标准模式下是否具有同样的温度特性。这种差异可能导致在梯度模式下得出的*佳条件与标准模式下单独做的结果出现差异。SteadySlope技术是EPPENDORF拥有的梯度PCR技术**，可同样的温度变化速率到达所有设定的梯度温度，所以在梯度模式下具有恒定的温度性。这一技术保证了在梯度模式和普通模式之间可进行可靠的信息传递，不会因为温度特性区别而导致产量和特异性的变化。MJ公司没有付**费而选择在梯度模式下采用区别的降温速率，每个梯度温度之间的温度曲线区别，从梯度模式向普通模式进行转换的可能会出现问题。此外采用TCT（三组回路）技术的梯度PCR仪由于在梯度PCR模式下增加了一个加热和冷却的操控区域，保证了梯度温度操控的**性并使区别梯度管排间的温度均匀性更好。
在PCR仪上增加原位PCR模块就可在玻片上进行原位PCR扩增，MJ和eppendorf的PCR仪都有提供原位适配器以满足区别需要。购买配有支持原位PCR模块的PCR仪对从事医学研究的工作者是很值得的，一机两用。
此外，随着基因组高通量研究的需求的提高，各品牌都推出了多槽式高通量PCR仪，各有特长：MJ有一种一拖四，就是1个主机带4个扩增槽，每个槽可独立控温，一次可作96x4个样品的PCR，不过一旦出现问题4个都不能用了。ABI则在原来的9700的基础上推出了双384孔的基座，一次完成384x2个样品，使得9700的功能又扩展到高通量领域而无需购买新的机器，可惜两个384槽不能独立控温。eppendorf则有一个操控面板，可操控5个独立的PCR仪，每台机器可联合，而且互不影响，但是比较浪费空间。 尊敬的客户：
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