分类总是五花八门，总体来说可以分为PCR扩增仪和实时荧光PCR仪两大类，有人也把它们称为半自动和全自动，或者定性和定量，都是比较不准确的称呼。
PCR*重要的就是个升降温过程，*初的水浴锅式PCR，就是三个水浴箱，一个机械臂，定时抓出反应槽转换水浴锅。这种东东体积大，迅速慢，但其实结果并不比以后的PCR仪差，我现在都很欣赏。后来有人利用致冷和加热做成了，固定位置升降温的PCR扩增仪。
后来随着定量技术的发展，有公司将扩增仪和检测做成一体，也就成了现在所谓的全自动（或定量）PCR仪。当然标准的叫实时荧光定量PCR仪。 空气加热，用空气做介质有优点，与反应体系无缝接触，但是空气的导热性差、比热小的弱点明显。因此空气加热的要利用离心来产生空气流动，增强导热性，同时使用毛细管，加大接触面积、试剂微量化来弥补。这样做了以后效果还是不错。但有的厂商把什么离心、毛细管的好处大讲特讲，对气加热的弱点闭口不谈，却是高明的市场手法。同时，使用离心，对标本量增大是有影响的并且标本量越大，空气比热小的弱点就越明显，所以空所加热的仪器标本量都比较小。使用毛细管后由于反应液与管的接触面积增大，吸附现象更大，因此试剂的通用性差一般要专门开发，成本高，虽然试剂用量少，但因为是专用试剂，每人份就是以实际量算，并不省试剂。反而增加了毛细管成本。
关于选购，根据单位情况而定，由于PCR的技术含量其实并不高，好的国产仪器如杭州博日（与日本有名厂商大和有关）也差不太多。关于进口仪器，罗氏的仪器不错，但如果标本量大，建议不要用罗氏。一则会累死的。另外，每个标本要分摊的标准曲线、对照成本太高。同时，试剂也比较受限。
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