如何进行DNA合成仪合成产物的纯化？目前公认和大多采用的DNA粗产物后处理方式有4种：C18柱脱盐，OPC柱纯化，HPLC纯化和PAGE纯化。下面PAGE纯化的方法。 PAGE纯化是几乎所有专业书籍上介绍的*佳纯化方法。它是依据DNA片段在变性聚丙烯酰胺凝胶中电泳时的迁移率不同来分离大小片段的。由于各分子所带电荷和大小不同，综合影响其在凝胶中的迁移速度，大片段迁移得慢，经过一定时间的电泳，大小片段会分开，然后停止电泳，剥离凝胶，置于荧光TLC板上在紫外灯下切割目的条带，浸泡碎胶，并从泡胶的盐溶液中回收目的DNA。
优点是纯化效果很好、尤其是纯化长链效果更好、而且是可以直观看见DNA片段合成情况的质控环节。通常认为的缺点是实验室水平的PAGE纯化实验步骤多费人工、电泳及后处理过程样品损失量大、电泳装置局限或电泳时间如果不够会影响纯化效果。但这些缺点完全可以克服。我们通过扩大规模流水作业使实验过程便于掌握和节省人力；在粗样品中加入尿素饱和液增加样品比重减少电泳上样的损失；改用C18柱回收产物，使得回收效率大大提高；通过特制电泳装置，增加凝胶厚度和长度来增加负载量和分离效果等等。