合成生物素标记的DNA包括生物素标记的引物 用于DNA固相测序法(solid-phasesequencing)，采用生物素标记的引物进行PCR扩增，再用抗生物素蛋白钓出扩增产物，由于抗生物素蛋白与磁珠共价结合，所以用磁铁吸附即可钓出扩增产物，大大简化了DNA测序模板的纯化步骤。此外，生物素标记的探针用于非放射性杂交检测。DNA合成仪可用于合成生物素标记的探针和引物。 合成荧光素标记的DNA包括荧光素标记的引物
可在合成的DNA片段5’端标记几种不同颜色荧光素(6-FAM、TET、HEX)，用于全自动DNA测序仪，还可用于PCR片段大小分析及定量分析，即基因组型分析和基因表达水平的研究。此外荧光素标记的探针用于原位PCR杂交检测，进行基因在染色体上的定位。而荧光素标记的DNA包括荧光素标记的引物皆可采用DNA合成仪进行合成。 合成RNA
用DNA合成仪合成的RNA主要用于核酶研究，核酶可作为生物导弹转化到细胞中，定点切割有病基因，如癌基因等。
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