按照不同用途，DNA合成仪可分为实验室型，工业型和大规模合成三种主要类型。 （1）实验室型DNA合成仪
主要指合成通量较小，且单柱合成产物为10-1000nmol的DNA合成仪，一般为合成柱数低于48柱（含）的DNA合成仪，主要适用于化学生物学实验室，或某些刚起步的商业机构。
该类型DNA合成仪品牌较多，包括已停产的ABI391,394,3400,3900，BECKMAN oligo-1000，及仍然量产的polygen 10柱，12柱，mermade4，6,8,12,48柱；BIOSSET ASM-800， AZCO OLIGO-8等。
（2）工业型DNA合成仪
主要指合成通量大，且单柱合成产物为10-1000nmol的DNA合成仪。工业型合成仪常见的合成柱数为96柱、192柱，384柱或更多合成柱数的合成仪较为鲜见。主要适用于大型实验室，公用实验平台及商业合成机构。
该类型DNA合成仪较实验室型品牌相对较少，常见的品牌有美国biolytic，丹麦oligomaker，美国mermade，美国polyplex等。在欧洲，polygen 96柱合成工作站及384柱合成塔也是较常见的工业型DNA合成仪之一。
（3）大规模合成型DNA合成仪
主要指单柱合成产物量可达数克，甚至数公斤的DNA合成仪，主要用于原料药制备等科研或商业用途。