1. cDNA产量的很低，可能的原因： RNA模板质量低
对mRNA浓度估计过高
反应体系中存在反转录酶抑制剂或反转录酶量不足
同位素磷32过期
反应体积过大，不应超过50μ
2. 扩增产物在电泳分析时没有条带或条带很浅
*常见的原因在于您的反应体系是PCR的反应体系而不是RT-PCR的反应体系
与反应起始时RNA的总量及纯度有关
建议在试验中加入对照RNA
**链的反应产物在进行PCR扩增时，在总的反应体系中的含量不要超过1/10
3. 产生非特异性条带
用RT阴性对照检测是否被基因组DNA污染。如果RT阴性对照的PCR结果也显示同样条带，则需要用DNase I重新处理样品。
在PCR反应中，非特异的起始扩增将导致产生非特异性结果。在低于引物Tm 2至5℃的温度下进行退火，降低镁离子或是目的DNA的量将减少非特异性结果的产生。
由于mRNA剪切方式的不同，根据选择引物的不同将导致产生不同的RT-PCR结果。
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