设计用于合成结构上类似DNA或RNA的寡核苷酸的自动化仪器。一般应用于固相合成法，每次将一个核苷酸加到所接长的寡核苷酸链上，加入每一个核苷酸都利用相同的化学反应与相应的嘌呤或嘧啶碱基衍生物作用。所用化学反应和操作细节随不同的仪器而改变，*广泛应用的方法是DNA合成的磷酸酰胺法。
(一)试剂驱动系统
一般地，DNA 合成仪采用一定压力的惰性气体（氩气）或氮气及电磁阀组驱动液体试剂，也可采用氦气驱动试剂。某些合成仪采用slider block滑块系统及精密蠕动泵，可不采用气体为驱动系统。采用气体及电磁阀驱动液体试剂时，需首先将管路系统电磁阀前段，含试剂瓶组中压力加压到规定气压，通过合成管理软件或手动打开电磁阀（一般打开时间为数ms），即可驱动液体试剂到所需的合成柱中。
(二)试剂和碱基瓶组
DNA合成仪一般需碱基瓶组及试剂瓶组。试剂瓶组一般*少为6个，含脱保护剂（Deb）、活化剂（act）、盖帽试剂A（capA)、盖帽试剂B(capB)、氧化剂（OXI）及洗脱乙腈（ACN），每种仪器一般都多设置1-2个试剂瓶位，用于特殊产物的合成。碱基瓶组一般*少为4个标准碱基（A/C/G/T）,同时搭配2-多个特殊碱基瓶位，用于荧光标记等合成。
(三)压力管路及输送管路
DNA 合成仪的一般原则需要保持内外气体隔绝，因此无论试剂瓶、碱基瓶均需密封保持一定压力。所有压力管路目前均采用特氟龙导管，直径为1/16—1/8吋。每个瓶子都有一个氩气压力管道及输送管道进入瓶盖插塞，对于亚磷酰胺，1—8号瓶其压力管道也作为排气管。氩气管要保持在液体水平以上，而输送管却伸到瓶的底部。当阀门正确设置打开时，储液瓶上部空间由氩气加压，液体被推进输送管，流到其目的地。
(四)亚磷酰胺瓶排气
除了加压外，亚磷酰胺瓶都是用压力排气管排气的。把亚磷酰胺放人仪器前，要用氩气排除空气使其净化。净化是通过输送管输送气体，当气体输送到瓶内时，空气经压力排气管排出。这是由瓶子更换步骤自动完成的。废液瓶是输送系统的低压侧，必须将出口与大气相通。要确保排气管通到通风柜。如果排气管阻塞，将会产生反压，试剂和溶剂的输送会受到抑制。
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